Озеро Ала-Кел расположено в верховьях реки Кургактор, правого притока Каракола , на высоте 3532 метра. Имеет ледниковое происхождение: ледник, который можно увидеть с берега, после отступления занимает верхнюю часть долины и продолжает питать озеро. Озеро более 70 метров глубиной. Островов нет.